Hanna är född på 1860-talet i Dalsland, nära norska gränsen. Det råder kärva tider - undernäring och panikartad utvandring gör att de unga som blir kvar tidigt tvingas ta ansvar för sin egen försörjning. Hannas tillvaro gungar och får stadga först när hon träffar en man. Han kommer norrifrån, är lite udda och gammal men ansvarskännande. När de gift sig rustar de tillsammans upp en vattenkvarn. De har barn i två kullar och lever ett drägligt liv. En dag orkar dock mannen inte längre. Hanna blir änka och söker en ny framtid i sekelskiftets Göteborg. Johanna är Hannas dotter. Hon har goda minnen från Dalsland, pappan och de år då hon blir vuxen i Göteborg - en stad som under hennes livstid byter ansikte, från industriproletariat till välordnad storstad. Villkoren blir bättre, men den enskildes anonymitet ökar och klassklyftorna är fortfarande påtagliga. Johanna vaknar politiskt och reagerar mot kvinnors sämre villkor. Anna är Johannas dotter. Hon är en modern yrkeskvinna och hennes liv är händelserikt. Ur ett nutida perspektiv tar hon på olika sätt del av mammans och mormoderns liv, förstår ibland, berörs och påverkas. Hon jämför med sitt eget och ser skillnaderna - men även likheterna.
Anna, Hanna och Johanna är ett kärleksfullt och personligt porträtt av tre kvinnor ur olika generationer. Marianne Fredriksson varierar sitt språkgrepp när hon skildrar de olika tiderna. Samtidigt låter hon nyckelhändelser vandra genom generationerna och upplevas i olika tidsandor. Hon tecknar individuella bilder av tre olika kvinnor, bilder som läggs över varandra för att till sist sammanfalla. Nu ges Anna, Hanna och Johanna ut som en "Läsarfavorit" - älskade böcker framröstade av läsarna.